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并不是所有的实验都可以做real-time的,技术路线要选好。当你的基因表达量少或有些不表达。具体就是做普通pcr跑胶条带比较弱,不是很亮的情况下,个人觉得不要选择real,不容易做好,特别是融解曲线。用sbgr green染料做的话,引物设计时扩增片断小于250bp,太长了不好扩。预实验先rt-pcr,梯度温度扩增,寻求退火温度。并确定有较亮的目的条带,试剂盒不能太差,要省钱的话可以把体系降到20ul,不要用普通的pcr试剂盒+sbgr green来作real,可以做出来,但是不稳定,很耗时间精力。上下游引物可以混在一起,摸条件时加样比较方便,如果要批量的话,是分开的好些。如果用的是普通pcr的ep管,可以把盖子剪掉,再加入20ul的石蜡油或矿物油封住液面,效果比较好,当然要确定你的机子是从盖子上面检测荧光的,而不是从侧管壁。融解曲线不好,特别是有目的条带高峰,但前面65-75度峰也较高时,可以再做一次融解曲线,一般都会变好一点,不过是把条件优化。
Real比较敏感,融解曲线不太好的时候,电泳结果也可以,所以对引物设计要求高些。如果条件优化很多次都好不了,那就换个引物了
提取步骤:invitrogen的RNA提取试剂盒trizol,红色,100ml
1,取组织50-100mg,加入trizol试剂1ml,剪碎组织块,匀浆5-15分钟,后放室温裂解5分钟
2,4度,12000rpm离心10分钟,换新ep管,取上清
3,按200ul/ml的trizol加入氯仿(1/5的体积),手动剧烈振荡15秒,后室温放置3分钟
4,4度,12000rpm离心15分钟
5,取上清至新ep管,注意少震动,少吸,一般400ul,不能吸入中间絮状物质
6,按500ul/ml的trizol(等体积的,那就是400ul)的加入异丙醇(预冷),室温10分钟
7,4度,12000rpm离心10分钟,弃上清,应该可以见到白色沉淀
8,加入75%的乙醇1ml洗涤,悬浮沉淀
9,4度,7500rpm离心5分钟
10, 去上清,风干,5分钟左右
11, 加入DEPC处理过的无酶水20-40ul,吹打融解沉淀,-70度保存
如果不是提特殊组织(如胰腺),好像也不是很难提,RNA也不是那么容易降解的。
我们经常口罩帽子都不戴,也没事。但是关键步骤一定要注意,小心。
组织要匀浆好,可以把组织剪碎,剪刀我们也没处理,尽快吧,加入trizol以后就没事了,它可以抑制RNA降解的。一般就4-5分钟,组织块成白色的就行了。室温裂解可以多放几分钟。
第5步比较关键,中间层一定不要吸。操作要轻柔,防止中间层飘起。
第7步就可以看见沉淀了,沉淀多,后面的水就多加些(40ul),如果没看见沉淀,加水10ul就可以了,有些是有的,只是量太少了看不见。
提RNA一次提完,也就3个小时左右,不要提一半后保存
提完后测个浓度尽快逆转录