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免疫细胞吞噬
细胞间相互作用一直是免疫学中的热点。免疫细胞可以吞噬靶细胞从而实现自我修复的功能，也可以通过受体配体结合实现不同细胞间的物质交换。由于传统方法无法对单个细胞成像，因此细胞间相互作用的方式一直缺乏直观有效地证据。在2009年4月16日，成功的证实了树突状细胞通过SKY耦合C型凝集素受体CLEC9A识别并吞噬坏死细胞，并且采用量化成像流式技术识别并量化统计的细胞吞噬的情况。
信号转导
除了免疫细胞的吞噬之外，细胞间的相互作用还包括不同细胞通过配体受体的结合进行细胞间的信号转导。zui常见的是获得性免疫反应中，T淋巴细胞与抗原递呈细胞之间免疫突触的形成。在正常细胞中，与免疫突触形成相关的蛋白淋巴细胞功能相关抗原-1（LFA-1），细胞表面抗原CD3，以及F-actin均匀分布在细胞表面；而当免疫突出形成时，这些蛋白在两个细胞接触的位置发生凝集。正是根据这一机制，2009年，成功的使用成像流式技术检测到HEL多肽处理细胞可以促进免疫突触的形成，由此也证明成像流式在检测免疫突触形成中*的优势。
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